Βρίσκεται στο Δήμο Ανατολικής Αργιθέας του Νομού Καρδίτσας, σε υψόμετρο 1000 περίπου μέτρων επάνω σε μια βραχώδη και απότομη κορυφή των Αγράφων της Πίνδου και κοντά στην κοινότητα των Κουμπουριανών. Απέχει από το Μουζάκι 41 περίπου χιλιόμετρα και στη βάση της ρέει ο Πετρηλιώτικος, παραπόταμος του Αχελώου ενώ πήρε το όνομα “Παναγία Σπηλιάς” από τη σπηλιά που βρίσκεται στο βράχο, κάτω ακριβώς από το μοναστήρι και που εκεί βρέθηκε η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Σπηλιάς.
Η απόκρημνη και δύσβατη τοποθεσία της Μονής σκορπά ρίγη στον επισκέπτη καθώς την πλησιάζει από την μοναδική είσοδο στη νότια πλευρά της βουνοπλαγιάς. Η Μονή Σπηλιάς χαρακτηρίστηκε ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο και τόπος παρουσιάζων ιδιαίτερο φυσικό κάλλος ή ενδιαφέρων από απόψεως αρχιτεκτονικής ή ιστορικής με την απόφαση. Η παράδοση αναφέρει σαν ιδρυτές της Μονής Σπηλιάς δύο αδέλφια, τον Αθανάσιο και τον Παρθένιο, καλόγεροι στο μοναστήρι του Αι – Χαραλάμπη, οι οποίοι το 1064 σε όνειρο που είδαν και οι δύο, η Παναγία τους υπέδειξε που να κτίσουν μοναστήρι αφιερωμένο σε Αυτήν. Εκεί στο πιο απρόσιτο σημείο βρήκαν την εικόνα της Παναγίας, πλάι στην οποία έκαιγε καντήλι, ενώ με θαύμα αναφάνηκε και πόσιμο νερό, το οποίο ρέει ακόμη έως και σήμερα.
Η μικρή πλάκα με τη χρονολογία 1064 που υπήρχε καταστράφηκε από τους Τούρκους κατά την επανάσταση των Αγράφων το 1854, όπου είχε την έδρα του το Αρχηγείο της Επαναστατικής Επιτροπής λόγω της φυσικής οχύρωσης που διέθετε το μοναστήρι. Ο σημερινός ναός που είναι κτισμένος δίπλα στον παλιό, κτίστηκε το 1736 και είναι αφιερωμένος στο όνομα της Ζωοδόχου Πηγής και Κτήτορες του νεότερου ναού αυτού είναι οι πατεράδες Παρθένιος, Ιωνάς, Γαβριήλ και Ανανίας, όπως φαίνεται και σε επιγραφή δεξιά από την είσοδο του ναού. Εδώ ο Γεώργιος Καραϊσκάκης έκανε συχνά πολεμικές συσκέψεις και συμβούλια στην Ιερά Μονή, αφού η θέση της είχε ιδιαίτερη στρατηγική σημασία ενώ κατά την επανάσταση των Αγράφων, την οποία υποκίνησε η Ελληνική Κυβέρνηση για την απελευθέρωση της Θεσσαλίας, υπήρξε στραταρχείο.
Εκεί το 1837 εγκαταστάθηκε η Επαναστατική Κυβέρνηση υπό τον Αλεξανδρή, ενώ επάνω από τη Μονή σώζονται μέχρι σήμερα τα οχυρώματα. Στην Μονή σήμερα, από το 2004, διαμένει ανδρική αδελφότητα 6 μοναχών.
Στη μονή υπάρχουν μεταξύ άλλων, ιερά λείψανα των παρακάτω Αγίων: Αγίου Νεκταρίου Πενταπόλεως, Αγίου Χαραλάμπους, Αγίου Κυρίλλου Αλεξανδρείας, Αγίου Αποστόλου & Ευαγγελιστού Λουκά, Αγίου Αποστόλου Φιλίππου, Αγίων Αποστόλων Βαρθολομαίου & Βαρνάβα, Αγίου Γεωργίου εν Ιωαννίνοις, Αγίου Παντελεήμονος, Αγίου Ραφαήλ Λέσβου, Αγίου Γεωργίου Τροπαιοφόρου, Αγίου Δημητρίου Μυροβλήτου, Αγίου Λαζάρου τετραημέρου, Αγίας Μαρίνης, Αγίου Απoστόλου Ιακώβου Αδελφοθέου, Αγίου Βασιλείου Μεγάλου, Αγίου Ιωάννου Χρυσοστόμου, Αγίου Γρηγορίου Θεολόγου, Αγίου Αποστόλου Ανδρέου Πρωτοκλήτου και Αγίου Ειρηναίου Επισκόπου Λυών.